Konkatedra p.w.
Najświętszej Marii Panny, św. Jana Chrzciciela
i św. Faustyna biskupa
w Kamieniu Pomorskim

Większe zmiany przyniósł dopiero pożar z 1630 r., wywołany działaniami wojny 30-letniej. W katedrze spaliła się wieża, dzwony, dach nad nawami, oraz część wyposażenia,  m.in. organy i zapewne wiele drewnianych ołtarzy. Odbudowę przeprowadzono w latach 1649–1650, wznosząc nową wieżę na miejscu spalonej, a nad całą katedrą zakładając nowe dachy. Odnowiono też wnętrze, zamalowując część średniowiecznych polichromii.

Ożywienie działalności budowlanej w katedrze miało miejsce za czasów ostatniego biskupa kamieńskiego z rodu Gryfitów (po kądzieli) księcia Ernesta Bogusława von Croy (1637–1650). Książę, z uwagi na ustalenia pokoju westfalskiego, kończącego wojnę 30-letnią, przyznającego ziemie biskupstwa kamieńskiego elektorom brandenburskim, 26 listopada 1650 r. zrzekł się tytułu i wszelkich praw do biskupstwa za odszkodowaniem i przyrzeczeniem prepozytury w kapitule kamieńskiej. Książę większość odszkodowania przeznaczył na sfinansowanie w latach 1669–1684 do wnętrza katedry szeregu nowych i cennych dzieł wyposażenia, uzupełniając tym samym ubytki powstałe w XVI i w 1 połowie XVII w. Z fundacji księcia powstały wówczas: organy, ambona, lektorium, krata w lektorium, ołtarz główny w lektorium „Ecce Homo”. W trakcie prac, w ramionach transeptu wbudowano empory, przeorientowano oś kultową katedry ustawiając ławki wokół ambony, oraz kolejny już raz pomalowano wnętrze. W 1686 r. pod zachodnią częścią zakrystii Gebhard Rabener zbudował kryptę rodową.

W drugiej poł. XVII stulecia rozebrano południowe skrzydło krużganka, nad skrzydłem północnym nadbudowano piętro w konstrukcji ryglowej, które istniało do lat 80. XIX w. Krużganki zostały zaadaptowane na pomieszczenia szkolne.

Na życzenie cesarza Wilhelma I rozpoczęto w 1881 r. obszerny remont mocno zniszczonych krużganków – wzmacniając elewacje, rozbierając konstrukcje szachulcowe, wymieniając dachy, zamurowując wykute w XVIII w. okna, kładąc nowe posadzki, rekonstruując na wzór pierwotny przezrocza arkad  i zniszczone partie sklepień.

Na przełomie wieków zainstalowano w świątyni elektryczność, ogrzewanie podłogowe niszcząc jednocześnie znajdujące się tam komory grobowe. Podczas I wojny światowej kościół stracił dzwony i piszczałki organowe z XIX w., które przetopiono na potrzeby wojenne.

W 1934 r. rozpoczęto kolejny duży remont świątyni. Pracami kierowali Walter Ohle i Gerhard Bronisch. W ich ramach rozebrano górną kondygnację wieży uszkodzoną w 1865 r. i na jej miejscu zbudowano nową, o formach modernistycznych, w wyniku skrupulatnych badań architektonicznych wschodniej części katedry odkryto wiele zasłoniętych w XVII i XVIII w. rozwiązań konstrukcyjnych, detali architektonicznych, a także fragmenty średniowiecznych polichromii. Odkryto m.in. absydę przy wschodniej ścianie południowego transeptu, spiralną klatkę schodową w jego wschodniej ścianie.

Pod koniec II wojny światowej, gdy front zbliżał się do Kamienia dzieła sztuki ze skarbca katedralnego zostały wywiezione w nieznanym kierunku. Dotąd pozostają nieodnalezione.

Olbrzymią administrację podzielił na trzy diecezje: gorzowską, koszalińsko-kołobrzeską i szczecińsko-kamieńską. Świątynia kamieńska została wówczas podniesiona do rangi konkatedry diecezji. W 1979 r. biskup Kazimierz Majdański powołał do działania Kapitułę Kolegiacką w Kamieniu Pomorskim.

Papież Jan Paweł II 24 marca 1992 roku ustanowił arcybiskupstwo szczecińsko-kamieńskie, a kościół pw. Najświętszej Marii Panny, św. Jana Chrzciciela i św. Faustyna otrzymał rangę konkatedry archidiecezji.

Od wielu lat proboszcz parafii św. Ottona ks. Dariusz Żarkowski pozyskuje środki na remont i konserwację konkatedry od Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Samorządu Województwa Zachodniopomorskiego.

Na przełomie XIII i XIV w. wybudowano prawdopodobnie kapitularz po południowej stronie prezbiterium, a także rozpoczęto budowę wirydarza, który został otoczony z trzech stron krużgankami o ostrołukowych, szerokich przezroczach, zdobionych maswerkami. Wirydarze przy katedrach spotykane są głównie na terenie Niemiec, kamieński jest jedynym występującym w Polsce. Jeszcze w XIV w. nad wschodnim krużgankiem nadbudowane zostało piętro z czterema salami, na ścianach których zachowały się pod tynkiem średniowieczne polichromie. W pomieszczeniach tych znajdowało się pierwotnie skryptorium, obecnie zajmuje je Muzeum Katedralne.

Wznoszony do 1 ćw. XV w. korpus nawowy, choć nawiązuje w rozwiązaniu rzutu w systemie wiązanym i bazylikowej przestrzeni do założeń dwunastowiecznego architekta, został zrealizowany  już w stylu gotyckim i późnogotyckim po dłuższej przerwie w budowie. Korpus otrzymał formę trzynawowej i trzyprzęsłowej bazyliki w systemie wiązanym, w którym jednemu kwadratowemu przęsłu nawy głównej odpowiadają dwa kwadratowe przęsła naw bocznych. Wraz z korpusem powstała wieża, wzmiankowana jednak dopiero w 1519 r., obecnie mająca charakter neogotycki.  Nie wiadomo, jak wyglądała pierwotnie, gdyż ulegała wielokrotnie przebudowom. Zachowały się z niej jedynie fragmenty elewacji południowej i północnej oraz spiralna klatka schodowa w północno-wschodnim narożniku.

W XV w. dokonano przebudowy nawy południowej, wznosząc ją w stylistyce późnogotyckiej, co widoczne jest m.in. w parawanowym szczycie z maswerkową dekoracją, wykonaną z glazurowanych cegieł oraz umieszczonym w drugim przęśle elewacji portalu. W narożnik nawy i transeptu wstawiono kwadratową kaplicę Lepela, pierwszy raz wspomnianą w dokumentach w roku 1425.

Pierwotna wieża zachodnia nie miała wejścia do świątyni, ale wchodziło się do niej przez portale w transepcie oraz przez gotycki portal w nawie południowej. Obecny kształt wieży powstał w wyniku przebudowania w latach 1934–1939 konstrukcji wybudowanej w XIX w.